Der Südkoog wird von der Bundeswehr genutzt. Hier findet man eine abwechslungsreiche Weidelandschaft, keinen Ackerbau. Die Flächen werden extensiv bewirtschaftet bzw. gepflegt, um die Landschaft für militärische Zwecke offen zu halten. Von dieser Pflege profitiert die Natur. Denn auch die Wiesenbrüter mögen offene Flächen. Außerdem werden hier weder Dünger noch Pflanzenschutzmittel ausgebracht. Bei der Pflege durch Beweidung entstehen keine Schäden am Biotop. Feuchtgebiete, ehemalige Prielläufe und Bodensenken bleiben erhalten.

Wegen der Nutzung durch die Bundeswehr halten sich wenig Menschen im Gebiet auf. Hier gibt es keine Inline-Skater, kaum Radfahrer und weniger Autoverkehr. Hier haben die Vögel ihre Ruhe. Die Brutbestände im Südkoog sind höher als im Nordkoog.

Die seltenen lauten Übungen der Bundeswehr stören die Vögel verhältnismäßig wenig. Zwar fliegen die Vögel auf, kehren aber schon kurze Zeit später zurück. Die Störungen durch die dauerhafte Anwesenheit von Menschen (wie im Nordkoog) wirken sich sehr viel schlimmer aus.